A demissão do número dois na Casa Civil não mudou apenas a estrutura da hierarquia do ministério, mas também resultou na saída de alguns programas do órgão. O principal deles, o Programa de Parcerias em Investimentos, foi transferido para o Ministério da Economia.
Essa já era uma demanda antiga de Guedes, que não via razão no fato de o programa ficar subordinado à Casa Civil, comandada por um político. Guedes avaliava, e fez chegar ao presidente, que o programa tinha que ser tocado por técnicos da Economia. Em meio a essa crise, conseguiu que a mudança fosse consumada.
De acordo com ministros, para justificar o uso da aeronave, Santini chegou a dizer que Guedes havia pedido a presença dele na viagem presidencial à Índia por causa do PPI. A informação, no entanto, foi rebatida por assessores presidenciais, o que ajudou a tornar a situação dele ainda mais insustentável.